Заповедник «Джергинский» был образован 14 августа 1992 году в Бурятской АССР на базе существовавшего с 1974 года государственного заказника. Главная цель его создания – сохранение в естественном состоянии природного комплекса истоков реки Баргузин, изучение генофонда растений и животных, разработка научных основ охраны природы этого уникального края.

Особо охраняемая природная территория находится на стыке трёх крупных горных массивов: Баргузинского хребта с его снежными пиками, Южно-Муйского и Икатского хребтов с их удивительными межгорными котловинами, где берёт начало могучая река Баргузин. Заповедник является природным эталоном северо-восточного бассейна озера Байкал – объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО. Сердцем заповедника можно назвать реликтовую Амутскую котловину – здесь расположено множество крупных и мелких кристально чистых озёр, в том числе озеро Балан-Тамур.

«Реликтовая Амутская котловина – настоящая природная жемчужина Бурятии со своей уникальной экосистемой, богатейшими возможностями для изучения ледниковых озёр и развития экологического туризма. Важно сохранить всё это великолепие для всех поколений в нашей стране», – отметил глава Минприроды России Александр Козлов.

За 30 лет деятельности ООПТ, её задачи существенно расширились. Сегодня это экологический мониторинг природных комплексов, организация научных исследований, рекреационной деятельности, охранных, противопожарных и биотехнических мероприятий, развитие экологического туризма и большая эколого-просветительская работа с местным населением и посетителями.

В настоящее время в заповеднике работают 36 человек, многие из которых отмечены ведомственными и правительственными наградами за добросовестный труд.
«Важно понимать, что «Джергинский» – это не только территория, где изучают и охраняют природу, где обитают редкие виды животных и растений, но и то место, где люди заряжаются доброй позитивной энергией, помогающей жить в нашем непростом мире. Заповедник – хранитель большой духовной и природной силы», – отметил директор - главный государственный инспектор в области охраны окружающей среды заповедника «Джергинский» Нима Раднаев.

До организации Джергинского заповедника систематического изучения природных комплексов верховий реки Баргузин не проводилось, а имевшиеся сведения были весьма неполны и отрывочны. В 1992 году, с образованием ООПТ, началось формирование научного штата. В него вошли специалисты разных научных направлений: орнитологи, териологи, энтомологи, ихтиологи, ботаники из бурятского научного центра СО РАН и других ведущих научно-исследовательских институтов Республики Бурятия. Для выявления закономерностей трансформации природных экосистем верховий реки Баргузин, в частности реликтовой ледниковой Амутской котловины, и дальнейшего прогнозирования её изменений была заложена большая серия постоянных маршрутов, пробных площадей и учётных линий.

Современные научные исследования в заповеднике направлены, в первую очередь, на выполнение долговременных программ мониторинга состояния природных комплексов Амутской котловины. Помимо инвентаризации различных групп животных, растений и их сообществ, большое внимание уделяется многолетнему контролю на постоянных участках и маршрутах: динамике численности млекопитающих, птиц, обитающих в напочвенном слое насекомых, учёту урожайности ягодников, стационарным наблюдениям за сезонным развитием растений. Наиболее изучены наземные позвоночные животные и высшие сосудистые растения. Составлен кадастр флористического разнообразия.

Контроль за соблюдением природоохранного режима заповедника осуществляется государственной инспекцией, которая состоит из 13 человек. Охрана природных комплексов осуществляется путём автомобильного, пешего, конного водного, а также авиапатрулирования. Сотрудники отдела охраны оказывают большую помощь отделу науки, экопросвещения и развития регулируемого туризма и отдыха: участвуют в зимних и летних маршрутных учётах, сопровождают научные и туристские экспедиции.

Коллективом заповедника проводится большая работа, направленная на развитие экотуризма. На заповедной территории разработаны экологические тропы «Звёзды Балан-Тамура», «Тропа старого эвенка», «Джирга». С 2018 года функционирует этнотуристический комплекс «Этногородок коренных народов Бурятии» в местности Биранкур – он представляет собой комплекс из русского дома, эвенкийских чумов, бурятских юрт с конным двором и гостевого дома «Дружба народов». В планах – разработка специализированных туристских продуктов: ботанических, орнитологических и геологических туров, туров с элементами бёрдвочинга и других видов познавательного туризма.